Pada tahun 1960 hingga 2003, Unit Pendakwaan beroperasi di bawah Bahagian Penguatkuasaan, Jabatan Agama Islam Melaka (JAIM), dan bertempat di Bangunan Wisma Negeri. Pada tahun 2004, berlaku pengasingan antara Bahagian Pendakwaan dan Bahagian Penguatkuasaan, di mana Bahagian Pendakwaan dipindahkan ke Bangunan Graha Maju, Jalan Hang Tuah, Melaka.
Kemudian, pada tahun 2013, Persidangan Ketua-Ketua Jabatan Agama Islam/Mailis Agama Islam Negeri (PKJ) ke-92 bersetuju dengan pelaksanaan pengasingan Bahagian Pendakwaan. Perkembangan ini disusuli dengan keputusan penting yang dibuat pada tahun 2015, apabila Mesyuarat Jemaah Menteri yang dipengerusikan oleh YB Dato Seri Jamil Khir bin HJ. Baharom memutuskan untuk menubuhkan sebuah Jabatan Pendakwaan yang berdiri sendiri.
Unit Pendakwaan di bawah Bahagian Penguatkuasaan, JAIM, Bangunan Wisma Negeri
Jabatan Pendakwaan Syariah Negeri Melaka ditubuhkan secara rasmi
.jpeg)
Unit Pendakwaan beroperasi di bawah Bahagian Penguatkuasaan, bertempat di Bangunan Wisma Negeri.
Pengasingan Bahagian Pendakwaan & Penguatkuasaan, Unit Pendakwaan dipindahkan ke Bangunan Graha Maju.
Persidangan PKJ ke-92 bersetuju pengasingan, Mesyuarat Jemaah Menteri memutuskan tubuhkan jabatan sendiri.
Pada 2 Januari 2019, Jabatan Pendakwaan Syariah Negeri Melaka ditubuhkan secara rasmi.